Visi MAI adalah terwujudnya komitmen keunggulan akuakultur Indonesia secara berkelanjutan dengan penekanan pada pembangunan akuakultur sebagai pilar pertumbuhan ekonomi andalan yang berdaya saing tinggi, berproduktifitas tinggi, berkelanjutan dan berkeadilan dengan didukung oleh sumber daya manusia masyarakat akuakultur Indonesia (akademisi, praktisi, birokrat dan peneliti) yang berintegrasi dan bekerjasama secara sinergis. Misi MAI adalah

Misi umum MAI adalah untuk meningkatkan pembangunan akuakultur Indonesia melalui pendidikan, penelitian dan transfer informasi IPTEK untuk mendukung terciptanya industri akuakultur yang maju, menguntungkan dan berkelanjutan.

Misi khusus MAI adalah :

1. Pengembangan IPTEK yang dapat ditransfer kepada produsen agar memperoleh manfaat dan keuntungan.

2. Diseminasi hasil penelitian dan materi pendidikan yang relevan untuk mencapai batas operasi produksi yang menguntungkan.

3. Penyediaan program pelatihan lokakarya, demplot dan penyuluhan akuakultur.

4. Peningkatan hubungan kerjasama yang sinergis antara industri, perguruan tinggi dan lembaga-lembaga pemerintah.

5. Pengembangan komunikasi terbuka dan jaringan kerja antar masyarakat akuakultur Indonesia.